パナマ運河庁は、1日当たりの船舶通航数を9月4日から34隻に制限し、9月15日から32隻に削減する。エルニーニョ現象に伴う高温と平年を下回る降雨により、閘門に供給される淡水の貯水池が縮小しているためで、制限を設けないとの従来の約束を翻すことになる。この措置は、2023～24年の干ばつによる制限を踏襲したもので、当時は1日当たりの通航数が最少で22隻にまで減少した。優先通航枠の入札上乗せ額は100万ドルを超え、タンカー1隻では400万ドル超に達したと報じられている。また、8月にはアジア向けのガス運搬船のおよそ半数が喜望峰回りを選択し、その割合は過去10年で最高となった。運河の年間取扱船舶数は約1万4000隻で、世界の海上貿易のおよそ5％を占め、パナマに年間約30億ドルをもたらしている。米海洋大気庁（NOAA）は、2026～27年の北半球の秋冬を通じて非常に強いエルニーニョ現象が発生する確率を90％超と見ている。一方、パナマは運河と周辺コミュニティー向けの水を確保するため、長期的なリオ・インディオ貯水池の整備を検討している。