パナマ運河は、降雨によってガトゥン湖とアラフエラ湖の貯水量が回復しなければ、さらなる通航制限を導入する可能性がある。運河の新長官、イリア・エスピノ・デ・マロッタ氏が明らかにした。運河は世界の海上貿易の5％を担っており、1日当たりの通航上限を36隻から34隻に削減した。9月15日からは32隻にさらに引き下げる。エスピノ氏によると、干ばつが続けば、2月または3月には上限を29隻、または同程度の水準まで引き下げる可能性がある。パナマ政府は8月26日、エルニーニョ現象に伴う緊急事態を全国で宣言した。当局は船舶の最大喫水も15.2メートルから14.6メートルに引き下げており、貨物積載量が減少する可能性がある。リオ・インディオ川に建設予定の新たな貯水池は、運河の運用とパナマ人口の半数超に50年間にわたり水を供給することを目的としているが、完成までには5〜6年かかる見通しである。