巴拿马运河管理局将从9月4日起把每日船舶通行量上限设为34艘，并从9月15日起削减至32艘，收回了此前避免实施通行限制的承诺。厄尔尼诺现象导致的高温和低于平均水平的降雨量，正在使为船闸供水的淡水水库水位下降。此举与2023—2024年的干旱限制措施相呼应，当时每日通行量一度降至22艘。优先通行权的拍卖溢价已超过100万美元，据报道一艘油轮支付的费用超过400万美元；8月份，约一半驶往亚洲的天然气运输船选择绕行好望角，为十年来最高比例。该运河每年通行约14,000艘船舶，承载全球海运贸易约5%的货物，并每年为巴拿马创造约30亿美元收入。美国国家海洋和大气管理局预计，厄尔尼诺现象持续至2026—2027年北半球秋冬季期间达到非常强程度的概率超过90%；与此同时，巴拿马正权衡建设长期使用的里奥·因迪奥水库，以保障运河及附近社区的用水。